تقسم أهداف القسم إلى جزأين رئيسيين: أهداف خدمية وأهداف علمية.

الأهداف الخدمية:
إن الهدف الخدمي الرئيسي للقسم وشعار القسم هو راحة المريض أولاً.
إن راحة المريض المراجع لقسم العينية في مشفى حلب الجامعي تتضمن عدة أمور:
1- راحة المريض من حيث حصوله على معاملة جيدة تليق بتعامل إنسان مع إنسان، حيث يتعامل كل طبيب مع المريض بشكل أخوي أو أبوي. فالمريض في نهاية الأمر هو إنسان اضطرته ظروفه الصحية أن يترك بيته أو عمله ويقدم إلى العيادات العينية التابعة للمشفى أو أن يبيت في المشفى، فلا بد له من أن يلقى الدعم النفسي والطبي الذي يستحق.
2- راحة المريض من حيث حصوله على علاج طبي صحيح ومنهجي حيث أن أكبر راحة للمريض هي تخلصه من مرضه عن طريق التشخيص الصحيح والعلاج المناسب أو عن طريق إزالة المشكلة التي يعاني منها بعمل جراحي ويتم ذلك بشكل منهجي وبيد خبيرة وبإشراف مباشر من الاختصاصي.
3- راحة المريض من حيث إحساسه بحصوله على حقه كاملاً، فلكل مريض حق متساو مع المرضى الآخرين دون أفضلية لأحد على سواه، كما أن المريض يحصل على حقه كاملاً بحصوله على فحص كامل يتجاوز شكايته الحالية بحيث نكتشف الحالات الخفيفة منذ بدايتها ويتم العلاج والمتابعة وبذلك نرفع المستوى الصحي للمواطنين.
4- إن هذه الخدمات تقدم بشكل مجاني أو بأسعار رمزية لا تتجاوز 10% من أقل الأسعار في المراكز الأخرى.

الأهداف العلمية:
إن الهدف العلمي الرئيسي للقسم هر رفع المستوى العلمي بحيث لا يجاري المشافي العالمية فحسب، بل ونطمح أن يفوق عليها. يتم هذا الشيء من خلال:
1- المنهجية والتفكير العلمي في المعالجة والاستفادة من خبرات السنوات الأعلى.
2- المحاضرات اليومية التخصصية لأطباء الدراسات.
3- الأبحاث العلمية والأطروحات السنوية التي تناقش ويتم تقييمها سنوياً.
4- الأبحاث طويلة الأمد والتي تندرج فيها الحالات النادرة والتي هي بحاجة لمتابعات طويلة ويشترك فيها فريق من أطباء الدراسات العليا والاختصاصيين.
5- الندوات العلمية واستقدام الخبرات الأجنبية بشكل دائم.